Fjallað er um vatnafar á Fljótsdalsheiði og Eyjabökkum, þ.e. á áhrifasvæði áætlaðrar Fljótsdalsvirkjunar. Svæðið spannar í stórum dráttum vatnasvið Jökulsár í Fljótsdal frá ármótum við Kelduá að vatnasviði hennar meðtöldu, alls um 1000 ferkm. Allmiklar upplýsingar eru til um jarðfræðina á þessum slóðum en vatnafarið er minna þekkt. Engin vatnafarskort eru til en góðar rennslismælingar eru fyrirliggjandi frá öllum helstu vatnsföllum.